东疆棉花产区位于天山以东。棉田主要集中在吐鲁番盆地、哈密盆地，仅零星植棉。尽管纬度偏北，相当于北部特早熟棉区北缘的位置，但由于地势特别低，海拔仅为﹣100~300m，内陆盆地增温效应强烈，其热量条件不亚于长江流域棉区。最热月平均气温高达28~33℃，最高气温≥35℃达65~100天，又由于降水不足30mm，空气相对湿度不足40%，从而成为我国夏季最干热的区域。不仅热量资源丰富，日照条件在全国棉区中也是最为优越，棉花生长期间日照时数超过2100h，昼夜温差较大，为我国最有利于植棉的独特气候条件。土壤以灌淤土为主，土层厚度1.5~2.0m，多为沙壤或轻壤，有机质含量较高。本亚区虽春季多风沙，夏季有干热风，但由于水利条件较好，设施优越，有高山雪水，有坎儿井，无旱涝之忧。但是，东疆亚区水土资源有限，而且又为葡萄、哈密瓜的重要产区，因而粮、棉、特产争地矛盾较大。