苗期棉苗根病是多种病菌引起的病害，长江流域棉区严重发生年病苗率达90％以上，常因病死苗在6月份还在移补苗。黄河流域棉区一般年份发病率在20%~30%，死苗率达5%~10%、大发生年发病率在50％以上，死苗率达20%~30%，甚至出现毁种。苗病还可以导致弱苗晚发，一般可推迟现蕾10~15天。

棉花苗期常见的病害有炭疽病、立枯病、褐斑病、轮纹斑病、角斑病等。炭疽病和立枯病发生比较普遍，为害也比校严重。

1、立桔病：典型症状是在幼苗茎基部初生黄褐色病斑，后扩展至四周，形成黑褐色环状缢缩，可引起幼苗茎基溃腐枯死；有时茎基部局部组织虽然产生有黑色伤痕，但不发展，直至成株期遇高湿天气再在伤痕处继续发展，于贴近土面的茎基部四周形成黑褐色皮层腐蚀，可引起腰折。

2、红腐病：典型症状是幼苗的根部首先受害，主根或侧根的尖端0.2~1.0cm处呈橙至褐色病斑，延及全根部和幼茎，变褐腐烂。病斑部位可见菌丝体或分生孢子。育苗的苗床上多易发生。

3、炭疽病：棉籽破壳时，病原菌侵害胚根尖，呈水渍状黄褐色溃烂；幼苗出土后，常在幼茎部形成褐色梭形病斑，下陷，四周同时形成，并可缢缩茎周。棉苗子叶受害时叶片边缘多出现黄褐色圆形或半圆形病斑，天气湿润时病斑可扩至全子叶，严重时腐烂脱落；棉苗茎秆上亦能产生红褐色梭形病斑，并可扩展到茎顶部形成顶腐。

4、猝倒病：猝倒病菌可侵害棉籽或刚露白的芽，并能引起幼苗死亡。受害的幼苗茎基部先出现黄褐色水渍状，组织软化，猝然倒伏死亡。在高温条件下，病部产生白色絮状物，可导致全株软腐倒伏。

5、苗疫病：棉花苗期的子叶边缘，起始发现暗色水渍状小斑，后渐扩大，病部周围暗绿色，中部灰褐色，后成为不规则形枯斑，发生严重时，子叶脱落，株顶枯死。

6、轮纹斑病：叶片的常见病害。棉苗子叶或真叶罹病后，初显黄褐色圆形斑点，边缘紫红色，大小约2mm，渐扩展至10~15mm，灰褐色。病斑的中部可出现同心环纹，病斑上生黑色分生孢子层，病斑中心易干裂破碎。除叶片外，幼茎、叶柄等部位亦可形成褐色病斑，严重的可引起内陷纵裂，极易造成茎部腰折，若与立枯病复合侵染为害，其腰折症状加剧发生，直至棉株倒伏死亡。

7、褐斑病：叶片上的又一常见病害。子叶受害，初现针尖大小紫红色斑点，渐扩大成黄褐色至褐色，边缘紫色略隆起，圆形或不规则形。几个病斑可合并成一大病斑，中间散生黑点（病菌的分生孢子器）。病斑中心易破碎，脱落成孔，严重时整个叶片脱落。

8、叶斑病：棉苗叶片常发生的病害。子叶受害时，初现暗褐色小点，近圆形，病斑周围紫红色，中部灰白色，其上可着生分生孢子梗及分生孢子。